图书馆的女朋友动漫第3集剧情围绕一次旧书整理展开。男主原本只是来归还借阅的书，却意外被女主留下帮忙。两人从书架间的短暂搭话，走到闭馆后共同寻找一张遗失的借阅便笺；这场小小的整理任务，也让他们第一次认真谈起各自珍惜图书馆的理由。
归还的书引出临时任务
开场时，男主抱着几本书来到服务台，发现女主正忙着核对一批需要重新上架的旧书。书脊上的标签已经磨损，有些书还夹着旧借阅卡，单靠书名很难确认原来的位置。男主本想放下书就离开，女主却请他帮忙把待整理的书分成几类。
男主一开始做得并不顺手。他把一本封面相似的书放错了区域，又误以为女主只是在意分类规则。女主没有责备他，而是拿起那本书，指给他看扉页里褪色的编号。她说，书放在哪里并非小事：有人会按照记忆回来找它，如果位置变了，却没有留下线索，那个人可能就再也找不到。
这番话让男主停下了随意翻书的动作。他开始认真核对编号，也注意到女主对每本旧书都很熟悉。两人之间原本有些拘谨的气氛，在一来一回的整理中慢慢松动。
夹在书页里的便笺
整理到一册封面受潮的小说时，男主从书页间发现一张折得很小的便笺。纸上没有署名，只写着一句“等我把这本书看完，再告诉你结局”。字迹已经淡了，旁边还画着一个简单的书签图案。男主觉得它可能属于以前的读者，女主却把便笺轻轻摊平，神情明显认真起来。
两人先检查书架附近的借阅记录，又沿着标签查找同一批旧书。男主负责翻阅卡片，女主则回忆这些书曾经摆放的位置。过程中，他们发现便笺所夹的书曾被调换过书架，而另一册同系列的书仍留在靠窗的区域。这个发现让寻找不再只是猜测，也把两人带到图书馆较少有人经过的角落。
在书架深处，男主找到了那本缺失的后续卷。书里夹着另一张纸条，内容只有简短的回应：“我已经看完了，你呢？”两张便笺并没有交代写信人的身份，也没有给出明确的结局，却让女主露出轻松的笑容。她说，能把它们重新放回同一处，至少让这段没有说完的话继续留在图书馆里。
闭馆前的误会与和解
忙碌间，广播提醒即将闭馆。男主看见女主仍在整理，便主动留下来把桌上的书搬回书车。恰好有同学经过，看到两人一起工作，随口打趣他们像是在约会。男主慌忙解释只是帮忙，女主也没有接话，只低头整理标签。玩笑过去后，两人之间反而多了一点说不清的尴尬。
男主担心自己留下会给女主添麻烦，提出把书车推回原位便离开。女主这才说，她并不讨厌别人把他们看成亲近的样子，只是不习惯当着众人的面回答。她也坦白，自己一直把图书馆当成能够安静待着的地方，不想让闲言碎语改变这种感觉。男主听后没有继续追问，而是把最后几本书摆好，陪她一起确认桌面和书架都已整理完毕。
临近关门，女主把那两张便笺分别夹回前后两册书中，又将书放在容易找到的位置。男主问她，之后是不是还会继续寻找写下便笺的人。女主回答，也许会，也许不会；重要的是这两本书终于重新放在了一起。她随后把男主忘在桌上的借阅卡递还给他，提醒他下次别再夹错书页。
结尾留下的关系变化
第3集最后，男主走出图书馆后，才发现借阅卡背面多了一行女主写下的字：“下次还书时，告诉我你读完后的结局。”他回头望向亮着灯的阅览室，女主仍站在书架旁整理最后一排书。这个小小的约定没有直接说破两人的心意，却让下一次见面有了明确理由。
本集的重点不在于找到便笺背后的写信人，而在于男主开始理解女主为何珍惜每一本旧书，也在于女主愿意把自己的想法说给他听。旧书和两张纸条构成了剧情线索，闭馆前的对话则推动关系向前一步。结尾用一张借阅卡收住故事，让图书馆不只是相遇的场所，也成为两人约定继续交谈的地方。