人和猪有大量同源基因，但严格来说，两者的基因相似度没有一个脱离统计口径、适用于所有研究的固定百分比。常见科普说法会概括为“约80%”，这类数字不能直接理解为人和猪的全基因组DNA碱基有80%完全相同；要判断它具体表示什么，还得看比较的是基因、编码序列，还是能够对齐的DNA片段。
“相似度”可能指不同的比较方式
基因相似度不是单一指标。研究对象和计算方法不同，即使都写成百分比，代表的含义也可能不同。
| 比较口径 | 实际比较的对象 | 读数应如何理解 |
|---|---|---|
| 同源基因 | 两种动物中能找到对应关系、来源于共同祖先的基因 | 表示有多少基因能找到对应项，不代表这些基因的DNA序列完全一致 |
| DNA序列一致率 | 能够相互对齐的DNA片段中的碱基 | 表示指定比对区域内有多少碱基相同；结果会受比对范围和算法影响 |
| 蛋白质或编码序列相似度 | 基因编码出的蛋白质，或参与编码的DNA区域 | 反映特定基因产物或编码区域的相似程度，不等于整套基因组的相似度 |
约80%不是“每一段DNA都相同80%”
“人和猪的基因相似度约80%”适合作为大众科普中的粗略概括，但如果没有说明统计对象和计算方法，就无法把它当成精确的全基因组一致率。比如，统计两者有多少基因可以对应，与逐段比较DNA碱基是否相同，是两种不同的问题；前者的百分比不能直接替代后者。
此外，DNA序列比对通常需要先确定哪些片段能够对应。被纳入比较的区域、重复序列和无法对齐的片段如何处理，都会影响最终结果。因此，看到一个相似度数字时，应先看它的分母是什么：是全部基因、编码基因、蛋白质，还是一部分可比对的DNA序列。
为什么有相似基因，人和猪仍然差别很大
人和猪同属哺乳动物，许多维持细胞活动、器官发育和基础生理功能的基因具有共同来源。这些共同点有助于解释为什么部分猪的组织或生理特征能够用于医学研究。
但基因是否相似，并不能单独决定两种动物是否相同。基因序列的差别、基因何时表达、表达多少，以及不同组织中的调控方式，都会影响身体结构和生理特征。换句话说，两种动物可以共享许多基因，同时在大脑发育、免疫反应、代谢和外形等方面表现出明显差异。
看到相似度百分比时，重点看这三点
- 比较对象：数字说的是基因数量、DNA碱基，还是蛋白质序列？
- 统计范围：它比较了全基因组，还是只比较能够对齐的区域？
- 数字含义：“存在对应基因”是否被误写成“DNA序列完全相同”？
总结来说，人和猪共享大量基因，常见的“约80%”可以作为粗略科普说法，但不能脱离统计口径当成精确答案。若要严谨比较，应先说明比较的序列或基因范围，再解释百分比代表的是基因对应关系还是序列一致率。