结晶体的颜色与结构有关，但不是由晶体外形或某一种晶格直接决定的。更准确地说，晶格中的原子排列会影响电子能级和光的吸收方式；杂质、缺陷及元素价态也会改变这些条件。因此，结构会参与塑造颜色，却通常不能单独用来预测颜色。同一种结构可能呈现多种颜色，不同结构也可能看起来相近。
颜色是怎样从晶体内部产生的
可见光照到晶体上，部分波长被吸收，未被吸收或被反射、透过的光进入眼睛，形成所见颜色。例如，若晶体主要吸收蓝绿光，剩余光可能使它呈现红色或偏红的色调。晶体吸收哪些波长，取决于内部电子能否在相应能量条件下跃迁。
晶格决定原子和离子周围的空间环境，包括它们之间的距离、对称性及相邻原子种类。这些因素会改变电子能级；晶体结构也会影响光与电子相互作用的条件。不过，完整而纯净的晶格未必带来鲜明颜色。许多晶体的颜色主要来自少量杂质离子、原子缺位、位错或其他缺陷，而不是主体成分本身。
此外，晶体的透光、散射和表面反射也会影响肉眼观感。颗粒细、内部有裂隙或包裹体时，光线散射可能让晶体显得发白、浑浊或颜色不均。因而观察到的颜色，是吸收与光传播共同作用的结果。
相同结构为何会有不同颜色
刚玉是理解这一点的典型例子。红宝石和蓝宝石的主体矿物都是刚玉，主要成分为氧化铝，晶体结构相同；颜色差异主要与微量元素及其在晶格中的作用有关。少量铬离子可使刚玉呈红色，而铁、钛等元素及其相互作用常与蓝色有关。也就是说，主体晶格相同，并不意味着颜色相同。
杂质所处的位置、浓度和价态也很重要。同一种元素进入不同晶体后，周围配位环境可能不同，吸收光谱随之改变；即使在同一种晶体里，杂质含量或价态发生变化，颜色也可能从浅淡变得浓重，或出现色调偏移。辐照、加热等过程还可能改变缺陷状态，使颜色发生变化。
因此，不能只凭“含有某种元素”就断定晶体必然是什么颜色。元素是否进入晶格、进入什么位置、以何种状态存在，以及晶体中是否同时有其他缺陷，都会影响最终结果。
结构变化会不会改变颜色
会，但要看变化如何影响电子状态和光吸收。相同化学成分有时可以形成不同的晶体结构，这类不同结构称为多型。原子排列改变后，局部环境和能带特征可能改变，进而使光学性质发生变化。晶体受压力、温度或相变影响时，也可能出现类似变化。
不过，“结构变了，颜色就一定变”并不成立。若结构变化没有显著改变可见光范围内的吸收，肉眼未必看得出差别；反过来，即使主体晶格没有改变，少量杂质或缺陷变化也可能明显改色。颜色与结构之间不是简单的一对一对应关系，而是结构通过电子状态影响颜色，成分和缺陷同时参与其中。
还需区分晶体结构与晶体外形。晶面、柱状或片状等外观形态，主要描述晶体生长后的形状；晶体结构则指内部原子如何周期性排列。外形可能影响光线反射方向和观察到的明暗，却不能直接代表内部结构，也不能仅凭外形推断颜色成因。
观察颜色时，怎样判断结构的作用
若只是比较样品，可以先在相近光源、厚度和观察角度下查看颜色，并留意颜色是否均匀、是否随方向变化。晶体厚度、切面、表面抛光、裂隙和包裹体都会造成视觉差异；不同光源的光谱也可能使同一块晶体看起来偏色。因此，单张照片或肉眼观色不足以证明结构不同。
要判断颜色是否与结构变化相关，需要把结构、成分和光学表现放在一起考察。结构分析可用于识别晶格类型及其变化，成分分析可检查微量元素，吸收光谱则能显示晶体吸收了哪些波长。若颜色变化明显而主体结构相同，应进一步考虑杂质、价态和缺陷；若成分接近但光学特征不同，再核对是否存在多型或相变。
总的来说，结晶体颜色不是晶格的“外观标签”。结构提供了影响颜色的内部环境，杂质和缺陷常是具体色调的直接来源，光线传播与观察条件则决定最终观感。理解这几层关系，比单凭颜色判断晶体结构更可靠。