判断样本来自哪种动物，先看样本类型、保存状态和是否混有多种生物材料，再结合外形、显微特征与DNA检测。羽毛、毛发、骨骼或完整昆虫可能通过形态初步缩小范围；组织、血液、粪便及碎屑样本通常更适合做DNA鉴定。若要求判断到具体物种，DNA序列还需与可靠的参考数据比对，不能只凭一个相似度数字下结论。
先确定样本状况和鉴定目标
开始检测前，记录样本的来源环境、采集时间、外观和保存方式，并拍摄整体及细节照片。先明确要回答的是“动物还是非动物”“大致属于哪一类”，还是“具体到物种”。目标越精细，对样本质量、检测方法和参考数据库的要求越高。若样本可能来自多个个体或多种动物，也应一开始就说明，避免把混合信号误当成单一物种结果。
不同样本能提供的信息并不相同：
- 毛发、羽毛、鳞片、骨骼：可观察形状、结构和尺寸；若没有根部或残留组织，DNA可能较少，往往需要专门提取方法。
- 组织、血液或新鲜残留物：通常较容易获得DNA，适合分子鉴定，但需要避免与其他样本交叉污染。
- 粪便、胃内容物、土壤或环境沉积物：可能含有多个物种的DNA，还可能混入食物、微生物或降解的遗传物质，单一序列检测未必能说明全部来源。
采样与保存决定后续能否检出
采样时使用干净的一次性手套和工具，每个样本单独装袋或装管，工具接触不同样本前应更换或清洁。尽量从样本内部或未接触外界的部位取材，并保留未处理的备份。这样做是为了减少人为DNA、其他动物材料和环境残留造成的干扰。
组织类样本通常应尽快冷藏或冷冻；干燥的毛发、羽毛和骨片应保持干燥、避光，并与潮湿材料分开。具体保存方式要依据样本种类和实验室要求确定。若后续要做DNA检测，避免随意使用福尔马林等可能损伤DNA的固定液；已经固定或长期暴露在高温、潮湿环境中的样本，也应告知检测人员，因为这会降低获得完整序列的机会。
先用形态观察缩小范围
对保存较完整的样本，可先记录尺寸、颜色、表面纹理、边缘形状和可见结构，再与该地区常见动物的标本图鉴或专业资料比较。显微镜有时能帮助区分毛发的表面鳞片、羽毛结构、骨组织或昆虫特征。形态观察适合筛选候选类群，但幼体、破损材料以及近缘物种之间常有相似之处，因此通常不宜单独作为物种级结论。
如果样本是粪便或碎屑，外观往往只能提供线索，例如食物残留、毛发或骨片，并不能可靠地对应某个物种。此时应把观察结果当作辅助信息，转入分子检测；不要仅凭颜色、气味或发现地点认定来源。
用DNA条形码或测序判断物种
常见流程是从样本中提取DNA，检测其质量，再针对动物常用的遗传标记扩增并测序。动物鉴定常用线粒体COI条形码；某些类群也会使用16S或细胞色素b等标记。若样本严重降解，可考虑较短的片段；若多个近缘物种在常用标记上难以区分，则可能需要增加其他标记或采用更深入的测序方法。
实验室应同时设置空白对照等质量控制，确认检测信号不是由试剂或操作带入。对于单一、质量较好的组织，常规条形码比对可能足以缩小到物种；对于混合样本，可采用DNA宏条形码或其他混合群落测序方法，寻找多个动物来源。混合测序能检出多种序列，但检出比例不一定等于样本中各物种的实际数量，也可能受到引物和DNA保存状况影响。
没有实验条件时，可将清洁、独立包装的样本交给具备动物分子鉴定能力的实验室，并提供采样环境、保存方式和预期鉴定范围。询问检测使用的基因标记、对照设置及结果解释方式，比只询问“能不能测出物种”更有助于判断方案是否合适。
核对比对结果，而不是只看相似度
检测报告通常会给出序列质量、匹配结果和分类层级。核对时看三点：序列是否足够长且质量良好；最高匹配是否明显优于其他候选；参考序列是否来自可信、标注清楚的来源。若多个近缘物种得分接近，或数据库中缺少该地区物种的参考序列，结论可能只能到属、科或更高分类层级。相似度很高也不必然意味着鉴定无误，尤其是参考序列标注不准确或不同物种共享相似片段时。
最终结论应同时说明样本类型、采用的方法、鉴定层级和限制条件。例如，形态与DNA结果一致时，可较有把握地报告相应分类；若序列只能支持某一属，就应如实写为“疑似该属”，而不是强行指定物种。对于混合样本，应分别列出检出的候选动物，并标明哪些结果证据较强、哪些仍需复核。