《图书馆的女友》第二季讲述白石凛与森川悠真从秘密交往走向坦诚相处的过程。故事把两人的恋情放进图书馆改造风波中：凛想守住熟悉的旧馆，悠真则支持让图书馆适应新的校园生活；他们一边合作争取改造方案，一边面对流言、误解和对未来的不同打算。与第一季侧重靠近彼此不同，第二季的重点是学会信任，并为共同的选择承担责任。
剧情主线：旧图书馆改造牵出感情考验
新学期开始后，校方提出将旧图书馆改造成开放式学习空间。凛担心改造会抹去馆藏和读者留下的记忆，主动整理旧书、借阅记录与社团资料，希望用实际使用情况说明保留阅览区的必要。悠真愿意帮忙，却认为只靠怀旧难以改变计划，建议凛把意见转化成具体方案，两人因此在工作方法上发生分歧。
在搜集材料的过程中，他们遇到曾长期使用图书馆的毕业生，也听到学生对自习座位、借阅流程和活动空间的不同需求。凛逐渐发现，守护图书馆不等于拒绝改变；悠真则理解到，效率之外，那些让人愿意回到图书馆的熟悉感同样重要。两人最终共同整理出兼顾开放空间与安静阅览区的提案，让改造不再只是“保留”或“拆除”的二选一。
人物关系：从默契恋人到并肩解决问题
- 白石凛：重视书籍与旧馆记忆，遇到变化时容易先担心失去。她在这一季学会把情感转化为行动，也开始认真思考自己毕业后的方向。
- 森川悠真：做事务实，习惯先找解决办法，却不总能顾及凛在意的感受。他逐渐学会倾听，而不是急着替对方下结论。
- 宫坂葵：参与图书馆委员会工作的同学。她支持改造方案，但提出不同于凛的意见，促使两人把争论从个人立场转向实际需求；她的作用更像推动剧情的对照者，而非单纯的恋爱竞争者。
三人的关系因此围绕图书馆计划展开：凛与悠真需要协调彼此的做法，葵则不断提醒他们，校园里还有其他读者的需要。感情线并非靠突然出现的情敌制造冲突，而是通过日常合作中的分歧，呈现恋人如何尊重彼此的判断。
关键转折：流言让两人不得不面对关系
当凛和悠真频繁一起整理资料、讨论改造提案后，校园里开始流传有关两人关系的议论。凛担心私生活影响委员会工作，选择减少与悠真的公开交流；悠真却误以为她想把恋情藏起来。两人短暂疏远，连原本配合默契的资料整理也出现遗漏。
矛盾的缓和并不是靠一句道歉完成。凛先说明自己担心的是什么，悠真也坦白自己在意的并非流言，而是被排除在她的决定之外。两人随后在提案说明会上共同发言：凛解释旧馆对读者的意义，悠真补充空间调整后的使用安排。公开表达立场，也让他们从回避关系转向共同面对外界目光。
第二季看点：恋爱成长与校园日常并行
这一季的主要看点，是图书馆改造与恋爱关系彼此映照。凛和悠真争论的表面是书架、座位和活动空间，深层则是如何理解对方珍视的事物。图书馆也不只是恋爱相遇的背景：旧书整理、读者访谈和提案展示推动情节发展，让两人的感情变化有具体事件支撑。
结尾没有把未来写成毫无波折的圆满答案，而是让两人确认会继续沟通、共同做决定。凛不再只把“留下原样”当作守护，悠真也不再只用效率衡量改变。由此，《图书馆的女友》第二季将重点落在关系的成熟：喜欢一个人不只是靠近，也包括理解对方的坚持，并在分歧中找到可以一起前进的办法。